检查发酵桶、曝气管支架、曝气管、过滤袋、循环管路、发酵外挂桶等部件是否清洁，特别是桶底、桶壁有无沉淀、污染物。
关闭扩增机及外接发酵桶出液口总阀门，分别加入少量清洁水，检查有无渗漏。
取出连接软管连接发酵外挂桶回流口与扩增机进液口，扩增机泵流出口与发酵外挂桶自流出液口。
注意：发酵外挂桶出液管任何位置不能高于出液口位置。
将过滤袋固定于支撑网上缘，从三效菌包内取出培养料袋，将培养料分批次倒入洁净溶解桶（容量10-20升）内，加入3-5倍（以形成流动液体、方便过滤为原则）清洁水，充分搅拌均匀后倒入外接发酵桶（另外一桶三效菌包重复此步操作）。
准备发酵补料，将发酵补料分批次倒入洁净桶内，加入3-5倍(以形成流动液体、方便过滤为原则)清洁水，充分搅拌均匀后倒入发酵外挂桶。
取出鱼蛋白原料，完全加水稀释，提前浸泡24小时—48小时（鱼蛋白原料不完全溶于水，提前浸泡，利于更好的进行发酵）。
将泡好的鱼蛋白原料倒入发酵外挂桶过滤袋内。
将80目过滤袋放入扩增机支撑网内，固体菌种直接倒入过滤袋。
将另一桶三效菌包的菌种袋直接倒入80目过滤袋内，系好过滤袋封口后再将过滤袋置入发酵外挂桶支撑网内。
分别向扩增机内加入清洁水至50升刻度线，发酵外挂桶内加入清水至500升刻度线，待水自外接发酵桶回流口流出停止加水。
将过滤袋封口紧固于曝气管支架顶部，曝气管插入过滤袋底部。
盖上发酵外挂桶上盖，连接供气管，盖上扩增机上盖，连接供气管，调节供气管开关。
检查管路连接，开启气泵、加热器开关，开始扩增48-72小时。
扩增结束后，打开扩增机自流或泵流放液口，打开发酵外挂桶下部自流或泵流放液口，放出菌液。
菌液中可加入水溶性大量元素（NPK），加入总量10-20%。
如菌液用于滴灌，建议出液时，再次用80目过滤网过滤。
清洗扩增机内桶、发酵外挂桶及相关配件；部件恢复原位，备用。
菌液完全放出之后，可先将外接发酵桶内鱼蛋白等残留物取出一部分，剩余部分随筛网一同取出，如继续进行发酵，可剩余约20%残留物，继续加入新的鱼蛋白原料。
应该及时清洗，防止长时间结垢，造成清洗困难。不要用硬质工具清洗发酵桶内部，以免损坏部件，特别是曝气盘橡胶膜。
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